José Manuel Pinto nació el 8 de noviembre de 1975 en el Puerto de Santa María. Desde pequeño siempre le apasionó el fútbol y pronto empezó en el Club Deportivo Safa San Luis de su localidad natal, hasta que a los 18 años fichó por el Real Betis. Tras los éxitos cosechados con su equipo, el FC Barcelona, la FPDA decidió conceder al guardameta el premio al Futbolista Andaluz.
Su trayectoria profesional como futbolista empezó en Sevilla, defendió la portería del filial bético en Segunda División B. La baja de Valerio, a mitad de la temporada 1997/98, le permitió dar el salto al primer equipo como portero suplente, aunque esa misma campaña llegó incluso a debutar en Primera División, el 10 de mayo de 1998, substituyendo al lesionado Toni Prats.
El verano de 1998 se incorporó al Celta de Vigo. Durante varios años alternó la titularidad y el banquillo con el francés Richard Dutruel primero y posteriormente con Pablo Cavallero. Con el club celeste participó en dos ocasiones en la Copa de la UEFA y una en la Liga de Campeones de la UEFA. Además, fue campeón de la Copa Intertoto en el año 2000 (jugando como titular los dos partidos de la final ante el Zenit San Petersburgo) y subcampeón de la Copa del Rey en 2001.
El descenso a Segunda División del Celta, la temporada 2003/04, supuso la llegada al banquillo vigués de Fernando Vázquez, quien confió a Pinto la titularidad. La siguiente temporada, nuevamente en Primera, Pinto continuó como titular indiscutible y conquistó el Trofeo Zamora como portero menos goleado del campeonato. Sin embargo, un año más tarde, su equipo perdió nuevamente la categoría.
Jugando en Segunda División de España, el 18 de enero de 2008 se anunció oficialmente su incorporación, en calidad de cedido, al FC Barcelona, que buscaba a un futbolista para suplir a su segundo guardamenta, Albert Jorquera, lesionado a finales de diciembre de 2007 para el resto de la temporada. Los azulgranas desembolsaron 500.000 euros por la cesión de seis meses, reservándose una opción de compra sin coste adicional.
En su primera temporada en el Barcelona jugó tres partidos de Liga, en los que encajó ocho goles. A pesar de su escasa participación, el Barcelona decidió ejercer la opción de compra sobre el jugador, ofreciéndole un contrato de dos temporadas.
En la temporada 2008/09 es suplente habitual de Víctor Valdés en Liga y Liga de Campeones, aunque es el portero titular en la Copa del Rey. En esta competición tuvo un papel especialmente destacado en el partido de vuelta de las semifinales, ante el Mallorca, cuando detuvo un penalty a Pep Martí, tras haberle indicado al lanzador que se iba a tirar por su izquierda. El ardid resultó decisivo para que el FC Barcelona lograse el pase a la final de Copa.También jugó un papel importante en su final, y que sólo encajo un gol del Athletic Club de Bilbao, dándole a su equipo su primera copa del año 2009.
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